「五．一六」反革命陰謀集團是文革中的大冤案之一。 1967年6月18日，北京鋼鐵學院張建琪、北京外語學院劉令凱等人組織了一個紅衛兵組織，全稱為「首都五．一六紅衛兵團」（簡稱「五．一六」），組建時不到100人。其宗旨是炮打周恩來，認為周為「二月逆流」的黑後臺。由於「五．一六」炮打的是忠實執行毛澤東文革路線的周恩來，該組織的活動立即受到毛澤東和中共中央的關注。

論組織規模，「五．一六」其實很小而且影響甚微，但1967年9月8日，毛澤東在《人民日報》發表的文章中加了一段話說：「……所謂『五．一六』的組織者和操縱者，就是這樣一個搞陰謀的反革命組織。應予以徹底揭露」。第一次公開在報刊上提出要在全國徹底揭露「五一六反革命陰謀集團」。隨之「五．一六」被取締，張建琪、劉令凱等人被逮捕，押送至天津勞改農場改造。

1968年，中共中央成立清查「五．一六」專案領導小組，1970年1月31日，中共中央發出《關於打擊反革命破壞活動的指示》，進一步在全國大規模地開展清查「五．一六」運動。

3月27日，中共中央發出《關於清查「五．一六」反革命陰謀集團的通知》。儘管這個通知要求糾正擴大化傾向，制止搞逼供信和採取體罰或變相體罰的手段，並提出「要擴大教育面，縮小打擊面」，但是，通知又提出：「國內外階級敵人同我們的鬥爭是很複雜的，反革命祕密組織決不是只有一個『五一六』」，鼓動人們去抓更多的「反革命」，該文件並未明確規定『五一六』分子的標準和界限。當時，中共指示，凡是有「三指向」（將矛頭指向以毛主席為首的黨中央，指向「三支兩軍」，指向新生事物「革命委員會」）行為的人，就要在這個運動中清查。所謂的「三指向」其實是可以做出多種解釋的，這使清查具有了很大的隨意性；而「三指向」與以往的「反革命」罪不同的是，它很容易被延伸到「文革」中最活躍的造反派身上。因此，很自然地「清查」運動的矛頭就指向了在校大學生裡文革初期的積極份子。從吳德的話也可證實這一點。他說，「就是通過這次清查，把『五大領袖』（文化大革命初期，聶元梓、蒯大富、韓愛晶、譚厚蘭、王大賓五人曾經被稱為學生造反派「五大領袖」）拿下來的，批判、查清了他們的罪行，然後把他們下放去勞動改造」，中共利用紅衛兵造反達到目的後，就丟棄，1971年2月8日，經毛澤東批准，中共中央發出《關於建立『五一六』專案聯合小組的決定》。

在從1970年初至1974年在全國範圍內開展的清查「五．一六」分子運動中，全國約有300萬人被打成「五．一六」分子，連同受牽連的家人超過千萬。

在北京地質學院，物探系總共只有120多名教職工，其中108人被打為「五．一六」分子，該校數名師生被整死。

外交部3,000名職工，竟有1,500人被打成「五．一六」分子。許世友在南京抓了20多萬名「五．一六」分子。在清查「五．一六」分子運動中，其速度之迅猛、打擊之面廣、鬥爭之殘酷，手段之殘酷，時間之漫長，逼死逼瘋逼殘的人之多，為文革其他運動所罕見。

在「深挖」中，毛澤東不斷髮指示：罪行不在大小，關鍵在於態度；革命的學生要聯合，打倒反革命「五．一六」；林彪則發指示：抓「五．一六」一個都不能放過；在這「一個都不能放過」的指令下，寧可錯抓百萬，不可放走一人，許多甚至沒有聽說過「五．一六」組織的人被搞得家破人亡，妻離子散。

具有諷刺性的是，日後有些清查「五．一六」專案領導小組的領導和骨幹，如陳伯達也被列為「五．一六」陰謀集團的操縱者，「9.13」事件後，林彪被名列操縱者的首位，深挖「五．一六」的江蘇省革委會副主任的遲明堂，後來也被打成「五．一六」分子，中共中央「五．一六」專案組辦公室主任、公安部長李震自殺身亡。

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