据史料介绍，明孝陵作为明皇陵之首，代表了明初建筑和石刻艺术的最高成就，直接影响了明清两代五百余年20多座帝王陵寝的形制。依历史进程分布于北京、河北等地的明清皇家陵寝，均按南京明孝陵的规制和模式营建，在中国帝陵发展史上有着特殊的地位，因此明孝陵有“明清皇家第一陵”的美誉。

中国古代盗墓兴起，到了近代更加猖獗，许多帝王陵墓都未能幸免。尤其是对慈禧陵墓的盗掘，各种无价珍宝令人眼花缭乱，正是这些金银财宝的驱使，才使这么多人宁愿赔上性命也要盗墓。不仅清朝陵墓被盗掘殆尽，其它帝王陵墓被盗掘的也不在少数，但是有一座帝王陵墓历经600多年未能被盗并且保存的完好如初，这座陵墓就是明太祖朱元璋的陵寝---明孝陵。


明孝陵所在的独龙阜原本是一座坚固的石头山。有些皇陵是从上往下扒开一个深穴，建好后再封起来，但明孝陵却是横向凿入山体，从内部掏空建玄宫。这种横穴式的方法虽然工程浩大，但十分坚固。在没有炸药的情况下，古代盗墓贼从顶部向下打盗洞根本行不通，横穴式设计使墓道成为盗墓贼的唯一通道。为了隐藏好墓道，修建明孝陵的工匠也是费尽心机。


墓道并不是人们想象中那样在正中间，而是偏在一边，这种反常规的设计让许多盗墓贼无功而返。除了横穴和侧墓道，考古人员还在明孝陵宝顶高高的封土堆下发现了厚厚一层圆润的鹅卵石。鹅卵石本来应当出现在低洼的山涧中，这是人们背上来有意铺设的，不仅便于雨水迅速渗透到宝顶排水设施中流出去，更为重要的是防盗。


这类似于古代一种流沙防盗法，当盗墓贼挖开一个洞时，鹅卵石就会从四面八方滚落下来把洞填满，这也是现在连盗掘的痕迹都很难找到的原因。虽然明代以后南京城屡经战火，但可能是摄于明太祖朱元璋的霸气和威名，每个新政权都无一例外地对明孝陵加以保护。

清朝建立后，通过保护明孝陵，有效消除了江南地区的抗清思想，康熙三十八年曾在明孝陵立“治隆唐宋”碑。当年洪秀全打进南京建立太平天国之后，第一件事就是率领文武百官到明孝陵前下跪拜祭，自称是不孝子，希望朱元璋保佑恢复神州。孙中山在南京成立政权后的第一件事也是祭拜明孝陵，以示推翻满清、恢复中华的决心。


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